平成11(1999)年8月に国旗を日章旗（日の丸）、国歌を君が代とする法案が衆・参両議院で可決成立し、公布、施行された。この法案は各党が党議拘束を解き、各議員の信念に基づいて賛否を行い投票方法も内閣総理大臣指名投票と同様に記名投票とし、さらに会議録に議員の賛否を記載するという方式を採用した。平成11年7月22日の衆議院の採決は賛成403名・反対86名と記されている。菅直人氏は枝野幸男氏や共産党不破哲三氏等と共に反対の票を投じている。

国旗・国歌法に反対した菅直人氏がその後、総理大臣に就任した。

総理は自衛隊の最高司令官だ。菅総理は、自衛隊員の日の丸・君が代の栄誉礼にどんな気持ちで臨んだのだろうか。アメリカをはじめ、絶対に海外ではあり得ない話なのだが・・・。